Juan García de Loaysa (Loaísa) y Mendoza urodził się w 1478 r. w Talavera de la Reina w Hiszpanii. Jego rodzicami byli Pedro de Loaysa i Catalina de Mendoza. 25 listopada 1496 r., w wieku 18 lat, wstąpił do dominikańskiego konwentu San Esteban w Salamance. Już wcześniej w zakonie tym byli członkowie rodzin zarówno ze strony ojca, jak i matki. Z rodziny ojca pochodził Jerónimo de Loaysa y Carvajal, pierwszy arcybiskup Limy i Prymas Peru. Wydaje się jednak, że prowincjał dominikanów hiszpańskich, Alfonso de Loaysa nie należał do jego rodziny. W zakonie był także jego brat Dominik (Domingo) Mendoza, który wstąpił pięć lat wcześniej.
Klasztor San Esteban w Salamance słynął z surowości życia, która prawdopodobnie nowicjuszowi nie sprzyjała i była przyczyną ciągłych chorób. To prawdopodobnie i wpływ starszego brata sprawiły, że Juan García został przeniesiony do konwentu San Pablo w Peñafiel (Valladolid). Tam też w 1495 r. złożył śluby zakonne. Studiował na uniwersytecie w Alcalá, a następnie w Valladolid. W ciągu swojego zakonnego życia był przeorem klasztoru św. Tomasz z Avila, a następnie św. Pawła w Valladolid. 19 kwietnia 1516 r. na kapitule prowincjalnej w San Ildefonso de Toro został wybrany prowincjałem dominikanów w Hiszpanii, a dwa lata później bracia zebrani na kapitule generalnej w klasztorze Santa Maria sopra Minerva wybrali go mistrzem generalnym zakonu. W rebelii w Hiszpanii w latach 1520–1522 nakazał nieangażowanie się w spory polityczne i ukarał czterech duchownych, którzy ostatecznie trafili do więzienia. W kolejnych latach wizytował konwenty zakonne, by spacyfikować nastroje powstańcze.
Juan był także inkwizytorem Kastylii i Aragonii oraz przewodniczącym Rady Inkwizycyjnej. Ze względu na działania związane ze wspieraniem króla Hiszpanii i cesarza rzymskiego – Karola V, zaniedbywał swe obowiązki zakonne, więc zrezygnował z funkcji generała. 8 czerwca 1524 r. został wybrany na biskupa Osmy, sakrę biskupią przyjął 29 września tego samego roku. Cesarz Karol wydał w 1524 r. nakaz rezydowania biskupów w swoich diecezjach, jednak Loaysa nie został nim objęty, ponieważ pełnił funkcję spowiednika i jałmużnika cesarskiego. Od 1529 r. był także ambasadorem Hiszpanii przy Stolicy Apostolskiej.
9 marca 1530 r. papież Klemens VII mianował go kardynałem prezbiterem z kościołem tytularnym św. Zuzanny. Po przeniesieniu do diecezji Sigüenza powrócił do Hiszpanii. Nie uczestniczył w konklawe w 1534 r. W 1539 r. został arcybiskupem Sewilli. A po kilku latach został wielkim inkwizytorem Hiszpanii. Zmarł w Wielki Czwartek 1546 r. w Madrycie.
Olmedo Jiménez M., Jerónimo de Loaysa, O.P. Pacificador de españoles y protector de indios, Salamanca 1992.
Castro J. N., Los sepulcros del Cardenal Fray García de Loaysa y sus padres en el Monasterio dominico de Talayera de la Reina, „Archivo Español de Arte” 76 (2003), nr 303, s. 267–276.
Nieva Ocampo Guillermo, El confesor del Emperador: la actividad política de fray García de Loaysa y Mendoza al servicio de Carlos V (1522–1530), „Hispania”, 75 (2015), nr 251, s. 641–668.